Megazone 23 se desarrolla en un futuro distante, a principios del siglo 24.
Los humanos empezaron a abandonar la tierra en gigantescas colonias espaciales llamadas Megazones.
La tercera parte ocurre varios siglos después con un hacker llamado Eiji Takanaka, quien es buscado por un grupo rebelde que trabaja en contra de las enseñanzas de un misterioso líder espiritual conocido como el obispo Won Dai.
Al final, Eiji y Eve se enfrentan a Won Dai, y este muere al desconectarse de su soporte vital, no sin antes revelar que su verdadero nombre es Shogo Yahagi.
La parte 1 del OVA fue combinada con el anime Super Dimensional Cavalry Southern Cross para crear Robotech: La película.