Por ese tiempo, Samir Bazzi, Jorge Aravena y Rashel Rodríguez entran como animadores del programa, junto con Daniel Sarcos.
A partir de ese año, los equipos ahora eran representados por los colores amarillo y verde, ya que el rojo fue descontinuado.
Tuvo leves modificaciones con respecto a la escenografía, pero se agregaron nuevos juegos como La Plaza de Toros y El Diccionario, donde subían o bajaban los minutos para los colegios.
Durante ese tiempo, esta etapa del programa fue todo un éxito, pero por una decisión de la producción fue suspendido temporalmente.
A finales del 2001, después de que el programa no se emitiera durante todo ese año, Venevisión anunció el regreso del Mega Match pero como un programa independiente, es decir, ya fuera de Súper Sábado Sensacional.
Para ese momento, Luis Gerónimo Abreu y Rashel Rodríguez ya no estaban en la animación del Mega Match.
Esta nueva etapa significó la aparición como animadora de Chiquinquirá Delgado, reemplazando a Rashel Rodríguez, junto con Samir Bazzi y Daniel Somaróo quien seguía en el programa desde 1999.
El programa en ese año obtuvo una aceptable puntuación de 8 puntos en cuanto a la sintonía.
En 2005, Chiquinquirá Delgado pasó a presentar el programa matutino Portada's, dejando la animación del Mega Match, y en su reemplazo llegó Waleska Castrillo de manera definitiva.
En esta última etapa del Mega Match estuvieron en la animación Waleska Castrillo, Samir Bazzi y Daniel Enrique Romero.
La dinámica del programa consiste en que dos instituciones representadas por dos colores (Amarillo y Verde), compiten en diferentes pruebas no por puntos, sino por minutos.
Sin embargo, en 2002 las reglas del juego cambiaron eliminando a la Mega Torta y Super Mega Torta y dejando preguntas de verdadero o falso que valían 40 segundos, dichas preguntas eran contestadas por los padrinos famosos.
En este programa hubo una edición especial transmitida en el año 2000 que fue presentada por Rocco Lasalvia y Manuel Sanz.
Vale señalar, que hasta el último minuto todos pueden ganar o perder, pues en las diferentes secciones de la competencia van subiendo navegantes al barco.
Cuando llega el momento culminante, la gran final del concurso, mediante diferentes interrogantes van subiendo al navío los participantes que se quedaron en tierra.