[1][2][3] Tras lo sucedido en Mega-Shark vs Crocosaurus, un nuevo mega-tiburón mucho más grande, inteligente y feroz surge de un abismo en alguna parte del Océano Pacífico para aterrorizar a los mares.
UU. hasta que el gobierno nacional decide construir un mega tiburón mecánico para hacer frente a la amenaza.
Después de su construcción es liberado en las aguas del país para atacar y enfrentar al megalodón.
Al final el gobierno estadounidense recoge los restos de ambas criaturas y los guarda en un gigantesco almacén acuático sin saber que el cerebro digital, usando tanto sus restos como los del megalodón real, va a fusionarlos creando un nuevo tiburón mitad mecánico mitad carne y hueso para que el terror vuelva a reinar otro día más.
La película finaliza con el tiburón logrando salir del almacén y continuando su fusión en el océano, para terminar con el ojo de la bestia mirando hacia el público.