De una manera curiosa, algunos cambios hechos al principio desaparecieron después, pudiendo generar desconcierto a los que sigan la serie.

MegaMan NT Warrior se divide en cinco grandes temporadas: Exe, Axess, Stream, Beast y Beast+.

Se cree que este llega a ser PharaohMan, pero es derrotado tras mucho esfuerzo por MegaMan y su gran rival, ProtoMan.

Lan ha ganado un viaje alrededor del mundo y vive experiencias inolvidables en diversos lugares junto a MegaMan.

Al regresar a la ciudad, Maylu le muestra la recién construida “Net City”, pero no viene sola, pues Mr.

Esta vez, Hikari ha logrado inventar generadores de área dimensional y el llamado “Synchro Chip”, que fusiona al Net Navi con su Operador.

Al comienzo de Axess, Lan observa una prueba del Synchro Chip y más tarde lo utiliza para derrotar a los Darkloids (Navis malignos que sirven a ShadeMan) cuando se infiltran en el mundo humano gracias al área dimensional.

Intrigado por el Synchro Chip, decide no atacar a la humanidad, dándole una oportunidad a trece humanos (Lan, Chaud, Raika, Pride, Charlie, Tesla, Dingo, Jasmine, Nenji, Maylu, Dark Miyabi, Ms Yuri y Baryl) de demostrarle que la tierra no es un planeta peligroso.

Beast marca la llegada de un pequeño Net Navi llamado Trill, quién inmediatamente establece una relación amistosa con MegaMan.

Su, por así decirlo, operador es un hombre al que llaman "Profesor" e intenta reconstruir a la poderosa Cyber Bestia Final derrotada en la conclusión de Beast.

Esto solamente es el argumento de hasta el capítulo seis; posteriormente Lan y compañía deben tratar con gente de Beyondard que accidentalmente se ha quedado en Den Tech City al cerrarse las puertas y causan muchos problemas.