El planeador ligero DFS 230 había demostrado ya su valía en el ataque al fuerte Eben-Emael en Bélgica (el primer asalto por tropas aerotransportadas en planeadores), y sería usado más adelante en la invasión de Creta en 1941.

El prototipo Junkers Ju 322 'Mammut', resultó completamente insatisfactorio al estar totalmente construido en madera, por lo que fue descartado.

También se decidió usar los motores franceses Gnome GR14N radiales de 990 CV usados también en el Bloch MB.175.

Se le colocó un tren de aterrizaje fijo, compuesto por cuatro pequeñas ruedas en la parte frontal y seis grandes a cada lado en dos filas de tres, parcialmente cubiertas por un carenado aerodinámico.

Las ruedas traseras, estaban equipadas con unos frenos neumáticos capaces de detener el avión en 200 m. Los cuatrimotores Me 323C fueron considerados como un peldaño más hacia los seis motores de la serie D; aún era necesario el Heinkel He 111Z Zwilling o la peligrosa maniobra Troikaschlepp, la formación de tres cazas pesados Messerschmitt Bf 110 para hacerlo despegar a plena carga, pero podía retornar a su base por sus propios medios una vez vacío.

Los dos ingenieros de vuelo, ocupaban dos pequeñas cabinas, situadas una en cada en ala, entre los motores interiores y el centro del avión.

Comparado con el Me 321, el Me 323 tenía una carga útil mucho más reducida, entre 10 y 12 toneladas, que era el precio a pagar para que el avión pudiese funcionar de manera autónoma.

En ocasiones, aún era necesario usar los motores cohete para colaborar en la maniobra de despegue utilizados por el Me 321.

El Me 323 tenía una velocidad máxima de solo 218,8 km (118,14 nudos, 136m/h) a nivel del mar, que ascendía levemente en altitud.

Para su defensa, estaba equipado con cinco ametralladoras de 13 mm en la dorsal tras las alas.

Hubo una propuesta para instalarle motores radiales BMW 801, pero no se llegó a concretar.