Durante su carrera jugó en el Malmö FF (dos periodos), Servette FC, S. L. Benfica y Helsingborgs IF.

[2]​ En 1989-90, aunque perdió ante el FC Porto en la liga, terminó como máximo goleador de la competición con 33 goles en 32 partidos;[3]​ durante su tiempo con el Benfica compartió equipo con sus compatriotas Jonas Thern (1989-92 ), Stefan Schwarz (1990-1994), también sus compañeros de equipo en Malmö y el entrenador Sven-Göran Eriksson (1989-1992).

Dieciséis años después de su retiro, Magnusson regresó brevemente al ámbito del fútbol al aceptar una invitación del SL Benfica para participar en un partido benéfico el 25 de enero de 2010.

Magnusson se unió al equipo Benfica All Stars, compuesto por exfutbolistas y futbolistas actuales del SL Benfica, en un encuentro contra Zidane XI, un equipo conformado por jugadores seleccionados por el exfutbolista Zinedine Zidane.

[6]​ Aunque Magnusson había aumentado de peso desde su carrera activa y protagonizó momentos cómicos, como caídas al intentar controlar el balón,[7]​ fue recibido con entusiasmo por el público, que coreó su nombre en los minutos finales del partido.