El grupo, formado principalmente por croatas, pero que también incluía serbios, húngaros, musulmanes y dos extranjeros que lucharon en el lado de la Guardia Nacional Croata, fue trasladado inicialmente al cuartel de la JNA en Vukovar.

Varios presos fueron identificados como personal del hospital y retirados del grupo para ser devueltos al hospital, mientras que el resto de ellos fueron trasladados a la granja Ovčara al sur de Vukovar.

Una vez en la granja, los prisioneros fueron golpeados durante varias horas antes de que la JNA retirara sus tropas del sitio, dejando a los prisioneros bajo la custodia de los serbocroatas y los paramilitares serbios.

En 1996, el Tribunal Penal Internacional para la ex Yugoslavia (TPIY) exhumó 200 cadáveres de la tumba.

El TPIY condenó a dos oficiales de la JNA en relación con la masacre, y también juzgó al expresidente serbio Slobodan Milošević por varios crímenes de guerra, incluidos los cometidos en Vukovar.