Daly accedió a abandonar el Boston College en 1999, tras violar las normas universitarias al no aceptar la presencia de estudiantes masculinos en sus clases de estudios de la mujer.
Antes de conseguir sus dos doctorados en teología sagrada y filosofía por la Universidad de Friburgo, Suiza, se graduó en Inglés en el College of Saint Rose, se licenció en la Universidad Católica de América y realizó un doctorado en religión por el Saint Mary's College de Indiana.
Fue por primera vez amenazada con ser despedida cuando, después de la publicación de su primer libro, The Church and the Second Sex (1968) le hicieron un contrato temporal pero como consecuencia del apoyo recibido por los estudiantes (entonces todos hombres) y por el público en general a Daly se le aseguró finalmente el puesto.
La oposición de Daly a admitir estudiantes masculinos en sus clases de ética feminista en el Boston College terminó también por provocar acciones disciplinarias contra ella.
[3] Aunque Daly se defendió diciendo que la presencia de esos estudiantes inhibía la discusión en clase, el Boston College consideró que su actitud constituía una violación del título IX de la ley federal que requería del College la seguridad de que ninguna persona podría ser excluida de un programa educativo por razones de sexo y de la propia política de no discriminación de la Universidad, que insistía en que todos los cursos debían estar abiertos tanto a estudiantes masculinos como femeninos.