A pesar del nombre, el juego no estaba relacionado con la serie de cómics Avengers Academy.
Marvel Avengers Academy asignó al jugador la tarea de construir su propio campus académico y poblarlo con superhéroes que han sido reinventados como estudiantes que están desarrollando sus superpoderes.
Completar misiones, misiones, desbloquear personajes y construir el campus permitió al jugador acumular XP, lo que les permitió subir de nivel.
Los eventos temáticos generalmente involucraban a una facción enemiga que se instalaba en la Academia con el objetivo de tomar el control.
Para coincidir con el segundo aniversario del juego, se lanzó una nueva actualización que cambió fundamentalmente la jugabilidad.