Müller había jugado en varios clubes más pequeños en divisiones juveniles, antes de unirse a los campeones alemanes FSV Frankfurt en 1998.

Como muchas de las jugadoras estrella del club, como Birgit Prinz y Sandra Smisek, habían dejado el club ese verano, Müller inmediatamente se volvió parte de la formación titular y ayudó a que el equipo evitara el descenso.

En 2005, se unió al VfL Wolfsburg, cuando el club acababa de descender a la segunda división.

El resultado cortó la racha de 118 partidos invicto del Lyon y evitó que el equipo francés ganara su tercer título continental consecutivo.

En los años siguientes, ganó varios títulos importantes con Alemania, casi exclusivamente como suplente, a menudo entrando al final.