Seguidamente, comenzó a trabajar para la Reforma con el apoyo de Franz von Sickingen, caballero del Sacro Imperio.

No pudo lograr esto, ya que varios acontecimientos políticos condujeron a la Guerra de Esmalcalda y al retroceso del protestantismo en el Sacro Imperio.

Algunas habían adoptado una religión reformada distinta del luteranismo, en la que los conceptos sociales humanistas y la ética comunitaria desempeñaban un papel más importante.

Estaba administrada por un gobierno local complejo bajo el control de unas cuantas familias poderosas y gremios acaudalados.

Los ciudadanos no tenían prevista la revolución, pero eran receptivos a nuevas ideas que pudieran mejorar sus vidas.

[22]​ También trabajó durante un tiempo en la corte del elector palatino Luis V como capellán de Federico, su hermano menor.

[28]​ Este nombramiento permitió a Bucero vivir en Núremberg, la ciudad más poderosa del Sacro Imperio y cuyos funcionarios de gobierno eran mayoritariamente reformados.

[33]​ En su camino, Bucero se detuvo en la ciudad de Wissembourg, cuyo líder reformador, Heinrich Motherer, le pidió que fuera su capellán.

En ocasiones, Bucero no dudada en expresar su desacuerdo a Zuinglio, aunque la unidad entre Estrasburgo y las iglesias suizas tenía prioridad sobre esas diferencias.

Bucero dio un fuerte apoyo al liderazgo de Zuinglio en la disputa, que finalmente introdujo la Reforma en esa ciudad suiza.

«En cualquier caso, debemos buscar la unidad y amor en nuestras relaciones con los demás —escribió—, independientemente de cómo se comporten con nosotros».

[76]​ Bucero fue el primero en tolerar esas imágenes en los lugares de culto, siempre y cuando no fueran veneradas.

[87]​ Aun así, el concejo se retrasaba y condujo a los pastores al borde de la dimisión.

Para sorpresa de los alemanes meridionales, Lutero comenzó a criticarlos y exigió que abandonaran esa noción falsa sobre la eucaristía.

Bugenhagen formuló un arreglo, aprobado por Lutero, que distinguía entre los «indignos» (indigni) y los «incrédulos», no creyentes o impíos (impii).

Los alemanes meridionales aceptaron que los indignos reciben a Cristo, pero la cuestión de los impíos quedó sin respuesta.

[96]​[97]​[98]​ Estrasburgo aprobó rápidamente el documento, pero Bucero necesitó mucha persuasión para convencer a todas las ciudades del sur de Alemania.

[99]​[100]​ Bucero creía que la Concordia de Witemberg permitía una verdadera reconciliación entre protestantes y una futura hegemonía doctrinal del luteranismo.

Quedaron inconclusas cuatro cuestiones en disputa: veneración de los santos, misas privadas, confesión auricular y transubstanciación.

Se desconoce cuántos hijos tuvo Elisabeth, aunque varios murieron durante el parto o a una edad joven.

Aunque el cabildo catedralicio lo rechazó rotundamente, la dieta se pronunció a favor del programa de reformas.

El emperador estaba comprometido en una recia campaña para hacer valer su derecho sobre las tierras disputadas por Guillermo, duque de Jülich-Cléveris-Berg.

Cuando Bucero se negó a ello, fue puesto bajo arresto domiciliario el 13 de abril y poco después en confinamiento.

Al año siguiente, Wibrandis organizó el viaje del resto de sus hijos y su anciana madre.

[149]​[150]​[151]​ En 1550, surgió otro conflicto cuando John Hooper, el nuevo obispo de Gloucester, se negó a ponerse la ropa tradicional en su consagración.

[152]​[153]​ Bucero tenía objetivos ambiciosos en la expansión de la Reforma en Inglaterra, pero acabó decepcionado cuando, estando en el poder, no le consultaban.

[154]​ De Regno Christi nunca fue aplicado en la Reforma anglicana, como Bucero pretendía; ni siquiera fue impreso en Inglaterra, sino en Basilea, en 1557.

[155]​[156]​ Su última contribución importante a la Reforma anglicana fue un tratado sobre la edición original del Libro de Oración Común (1549).

Dejó a su esposa Wibrandis una herencia significativa, que consistía principalmente en el hogar y su gran colección de libros.

[168]​ Bucero no estaba tan preocupado por apoyar una declaración doctrinal per se, sino que dejó alternativas con el fin de discutir y ganarse a sus opositores.