En 1972, comenzó una amistad cercana con Bonnie Nettles, una enfermera; juntos solían discutir sobre el misticismo y llegaron a la conclusión de que habían sido llamados para ser mensajeros divinos.

Tiempo después, los periodistas y académicos comentaron cómo Applewhite había logrado persuadir a la gente para que siguiera sus órdenes, incluyendo el suicidio.

[3]​ Contrajo matrimonio con Anne Pearce en esa época, y más adelante tuvieron dos hijos.

[5]​ Abandonó el ejército en 1956 e ingresó en la Universidad de Colorado, donde obtuvo una maestría en música[7]​ con especialización en teatro musical.

[17]​ En Texas, se mostró abiertamente homosexual por un breve período de tiempo, pero también tuvo una relación con una joven, quien lo abandonó presionada por su familia y lo dejó sumido en una profunda depresión.

[18]​ En 1970, renunció a su puesto en la Universidad de Santo Tomás, alegando depresión y otros problemas emocionales.

[20]​ El presidente de la universidad más tarde recordaría que, en sus últimos años allí, Applewhite se veía confundido y desorganizado.

[21]​ En 1971, Applewhite se mudó por un breve período de tiempo a Nuevo México, donde estableció una rotisería.

[22]​ Su padre falleció en esa época; su pérdida fue un golpe emocional muy significativo para él y lo dejó nuevamente sumergido en la depresión.

[25]​[26]​ Se hicieron amigos cercanos muy rápido;[27]​ más tarde, Applewhite dijo que sentía como si la conociera desde hacía mucho tiempo y extrajo como conclusión que se habían conocido en una vida anterior.

[12]​[29]​ Para esa época, había comenzado a investigar alternativas de la doctrina cristiana tradicional, incluyendo la astrología.

[11]​ En su biografía de 2005, la autora Susan Raine explica que pudo haber tenido un episodio esquizofrénico en esos años.

Aunque convivían, su relación no era sexual;[10]​ para Applewhite, era la unión profunda y amorosa, pero platónica que siempre había querido.

[5]​ Veía a Nettles como su alma gemela, y algunos de sus conocidos más tarde dirían que ella ejercía una fuerte influencia sobre él.

[34]​[12]​ Raine afirmó que Nettles «fue la responsable de reforzar sus creencias en falsas ilusiones»,[35]​ pero el psiquiatra Robert Jay Lifton sostuvo que la influencia de la enfermera lo ayudó a evitar un mayor deterioro psiquiátrico.

[41]​ Tenían poco dinero para viajar y en ocasiones vendían su sangre o trabajaban de manera temporal para recaudar fondos.

[33]​ Además, concluyeron que eran los dos testigos que se describen en el Apocalipsis y en ocasiones visitaban iglesias y otras sectas espirituales para hablar sobre sus identidades;[48]​ solían referirse a sí mismos como «Los dos», o «Los dos ovnis».

[51]​ En ese momento, sostuvo que había sido autorizado por una fuerza divina para conservar el auto.

[54]​[55]​ Applewhite se describía a sí mismo como un «instructor de laboratorio» y era el orador principal,[56]​ mientras que Nettles intervenía en ocasiones para clarificar observaciones o para hacer correcciones.

[57]​ Ambos hablaban rara vez con los participantes: lo único que hacían era pedirles sus números telefónicos para poder contactarlos.

[68]​ Benjamin E. Zeller, un académico que realizó estudios sobre las nuevas religiones, notó que las enseñanzas de Applewhite y Nettles se centraban en la salvación a través del crecimiento individual y encontró similitudes con las corrientes del movimiento de la Nueva Era.