El objetivo principal era estudiar las variables atmosféricas, como complemento a las misiones Mars Global Surveyor y Mars Exploration Rover, con preocupaciones más geológicas.[1] La misión estaba programada para durar un año marciano, equivalente a aproximadamente dos años terrestres.Durante los últimos días de vuelo, conforme la gravedad de Marte tenía una creciente influencia, se observó que la sonda se apartaba cada vez más de la trayectoria prevista y se acercaba más y más al planeta, algo que hubiera sido imposible si se hubieran tenido en cuenta bien todos los factores.Los controladores intentaron abrir una investigación al respecto, que habría sido rechazada por los responsables del proyecto.Por su parte, los gerentes se excusaron afirmando que no habían recibido una solicitud formal de investigación.Un antena UHF de 10 W se usa para las comunicaciones con el Mars Polar Lander en doble via.
