[1]​ A los 16 años Marko Kristal debutó en la liga estonia, por entonces integrada en las categorías regionales del fútbol soviético, con el FC Sport Tallinn.

En 1990 se incorporó al FC Flora, el equipo donde desarrolló prácticamente toda su carrera, salvo un breve paréntesis en que jugó en el IF Elfsborg sueco y el FC Lathi de Finlandia.

También estuvo a prueba en dos clubes ingleses, el Manchester City y el Ipswich Town, que finalmente desestimaron su contratación.

En marzo de 2001, con 27 años, se convertía en el futbolista europeo más joven en alcanzar los 100 encuentros con su selección, superando el récord de 30 años que ostentaba Franz Berckenbauer.

Esta cifra le situaba también como el segundo futbolista europeo que más partidos había disputado con su selección, tras el alemán Lothar Matthäus.