[2]​ Al acercarse a los enemigos sin ser detectado, el jugador puede destruirlos en un solo golpe.

Si escuchan un sonido o echan un vistazo del jugador comienzan a sospechar, les aparece un signo de interrogación sobre sus cabezas y comienzan a buscar al jugador activamente hasta que se convencen que en realidad no está allí.

[3]​ El jugador recibe puntos por ejecutar una variedad de tácticas tales como muertes silenciosas, pasar al lado de enemigos sin ser detectado, evitando exitosamente que cuerpos sean descubiertos, aterrorizando oponentes para hacerles entrar en pánico, y consiguiendo objetivos opcionales como recuperar artefactos y una serie de haiku que cuenta la historia del clan ninja.

La próxima pantalla permite al jugador seleccionar las vestimentas desbloqueadas y equipar artículos.

Completar el juego por primera vez habilita el modo Juego Nuevo Plus, en el cual los enemigos son más inteligentes y pueden matar al jugador con solo una bala o un golpe de cuerpo a cuerpo, la línea de visión del jugador está limitada a un cono dirigido hacia la dirección en la que el jugador esté mirando (evitando así que los jugadores puedan ver lo que está detrás, encima o detrás de ellos a menos que giren para mirar), el jugador no puede ver la línea de visión de los enemigos y debe intuirla según la dirección hacia la que apunte la cara de los enemigos, y el jugador tampoco puede detectar el radio al cual sus acciones serán escuchadas por los enemigos.

Antes de ser rescatado por el protagonista, Azai estaba siendo acusado por los atacantes, quienes le decían "elegiste a las personas equivocadas para robarles".

No obstante, Azai simplemente dice que el clan ha estado oculto del mundo moderno por varios siglos hasta hoy, cuando "sus enemigos finalmente los encontraron".

Luego de que el protagonista recibe su segundo tatuaje, él y Ora reciben la tarea de obtener la venganza contra las Compañías Militares Privadas responsables del ataque contra el dojo: una corporación llamada Hessian, manejada por un despiadado plutócrata de Europa Oriental llamado Conde Karajan.

Mientras tanto, el artista de horishi Dosan expresa su preocupación sobre la calidad de la tinta en el tatuaje y promete descubrir porqué Azai no había buscado un suplemento fresco del mismo.

Como fue revelado por los pergaminos escondidos que cuentan la historia del clan, el mismo Azai había sido incapaz de defender las flores cuando la devastada región de la cual eran endémicas fue capturada por despiadados bandidos.

Es por eso que deshonrado, pero para asegurar la supervivencia del clan, Azai ocultó su fracaso y fue quien planeó el robo a Hessian para proveer al Hisomu con equipamiento de alto nivel ahora que la única fuente de su fuerza había sido extinguida.

[8]​ Mientras que Klei anteriormente había lanzado Shank y Shank 2 en varias plataformas, la compañía indicó que Mark of the Ninja sería un título exclusivo de Xbox 360 y sería distribuido por Microsoft Studios.

El juego cuenta con notas agregadas en los 90 en sitios web como Metacritic y GameRankings.

[29]​ Matt Miller, Editor Asociado en Game Informer, alabó las animaciones del juego.

También notó que el juego de luces y sombras acentuó los gráficos haciéndolos cobrar vida.

[20]​ Las críticas del juego incluyen unos cuantos problemas menores con los controles y elementos frustrantes en la jugabilidad.