Regresó a su país natal, Nueva Zelanda, firmando con el New Zealand Knights, única franquicia neozelandesa en la A-League de Australia.

En su reemplazo surgió el Wellington Phoenix, que mantenía el mercado neozelandés de la A-League, Mark Paston fue contratado por los Nix para la temporada inaugural, y se mantuvo en el equipo wellingtoniano hasta su retiro en 2013.

Sin embargo, no reapareció en los All Whites hasta 2003, cuando los principales arqueros neozelandeses se encontraban lesionados.

Gracias a este título, disputó la Confederaciones 2009, formando parte del 11 inicial que conquistó el único punto de Nueva Zelanda en esa competición.

Ese mismo año, debido a la suspensión de Moss, fue titular en el repechaje ante Baréin, allí Paston no recibió ningún tanto en las dos presentaciones, además de atajar un penal en la vuelta que mantuvo la ventaja neozelandesa hasta el final, permitiéndole a los Kiwis clasificar a la Copa Mundial nuevamente luego de 28 años.