En el cine, ha trabajado frecuentemente con el cineasta Wes Anderson, y ha compuesto para la mayoría de sus películas (Bottle Rocket, Rushmore, The Royal Tenenbaums y Life Aquatic).

[cita requerida] Su música está presente también en programas de televisión infantiles como Rugrats y Clifford.

[cita requerida] Mothersbaugh es autor también de la música en videojuegos, como las series Tomb Raider, Crash Bandicoot, Jak & Daxter y Los Sims 2.

Estos trabajos se ejecutan con frecuencia con Mutato Muzika, la productora musical que formó junto a otros antiguos miembros de Devo, incluido su hermano, Bob Mothersbaugh.

[cita requerida] Trabaja en Mutato Muzika, donde crea, con su equipo, música para cine, televisióny videojuegos.