En 1964 creó Galileo, primera revista dedicada a problemas metacientíficos de la región (1964-1972, 1989-2013).

En 1968 se le concedió el Régimen de Dedicación Total en la Udelar, del cual tomó posesión un año más tarde.

Una concepción que Otero no defendió meramente en el plano teórico, sino que asumió como compromiso y acción en la creación del área correspondiente en la Udelar.

Una concepción que concebía a la filosofía de la ciencia como herramienta estratégica, aunque no decisiva, para el cambio progresista de la realidad político-social.

En esta área, Mario Otero publicó casi una decena de libros (como editor y como autor) y un importante número de artículos.

Particularmente en Historia de las matemáticas en el Uruguay sus trabajos revelan el interés y la importancia que Otero daba al desarrollo de las matemáticas en Uruguay y a su análisis.

Por último, su producción en Políticas e investigación científicas y educación en Uruguay muestran el compromiso de Otero con la realidad que en esos aspectos vivieron el país y la región.

Un periodo particularmente prolífico a este respecto es entre las décadas de 1960 y 1980, en cuyos trabajos Otero analiza desde las condiciones a las que se ven expuestas la investigación científica y la educación en esos períodos concretos, pasando por los requerimientos básicos y generales que deben ser tenidos en cuenta en el momento de diseñar políticas científico-tecnológicas en países como Uruguay, hasta la presentación de propuestas específicas para pensar posibles desarrollos o soluciones a estas problemáticas.