Según el Instituto Pasteur, su carrera comenzó con estudios de ciliados y continuó con importantes investigaciones sobre la Apostomatida .
[Ella] ingresó al Instituto Pasteur como becaria en el servicio de protozoología dirigido por F. Mesnil .
Demostró así que la hematina, una sustancia química, podía sustituir a la sangre en la nutrición de Crithidia fasciculata .
Cuatro años más tarde, fue nombrada Jefa de Laboratorio del Instituto Pasteur.
El trabajo de Marguerite Lwoff la llevó a muchas asignaciones y laboratorios durante su vida.