Se casó con John Clitherow, un carnicero, en 1571 (cuando tenía 15 años) y tuvieron dos hijos.

En la actualidad, una casa de las Shambles que se pensó podría haber sido su casa, es conocida ahora como "Shrine of Saint Margaret Clitherow", abierta al público (a cargo por la cercana Iglesia de St.

En 2008, una placa conmemorativa fue instalada en Micklegate, sobre el puente del río Ouse para recordar el lugar de su martirio.

Un gran número de colegios en Inglaterra reciben el nombre de Margaret Clitherow, incluyendo centros en Bracknell, Brixham, Mánchester, Nottingham, Stevenage, Thamesmead SE28, Brent, Londres NW10 y Tonbridge.

Los resultados académicos del colegio se muestran en la web de The Guardian.