Tras la muerte de su padre, cuando Whitman tenía siete años, se trasladó a Rushville, Nueva York para vivir con su tío.

En vez de ello, estudió medicina durante dos años con un experimentado médico, y recibió su título en el Fairfield Medical College.

En 1834 se unió a la «American Board of Commissioners for Foreign Missions» (una agencia para las misiones).

En esa época, prometió a los nez percé que volvería con otros misioneros y maestros para vivir con ellos.

Según algunos contemporáneos, incluyendo al reverendo Henry H. Spalding, la situación se agravó por la animosidad existente entre los misioneros protestantes y los sacerdotes católicos locales.