Fernandes jugó fútbol amateur hasta los 20 años y comenzó su carrera en el Portuguesa Santista.

[1]​ Pasó al Santos en 1991, pero tras no lograr entrar en el once inicial del club, fue cedido al Rio Branco de Americana,[2]​ Remo, Botafogo-SP, América de Natal y Atlético Mineiro, el último ya en 1998.

[3]​ Fernandes fue liberado por el Santos en 1999 y regresó a Portuguesa Santista.

En 2011 se unió al personal del Santos y fue nombrado asistente.

[9]​ En noviembre de 2020 después de que Cuca y otros asistentes Cuquinha y Eudes Pedro dieron positivo por COVID-19, Fernandes volvió a ser interino del equipo principal.