Boca ganó 3-0 (4-2 en el global), dejando a los Millonarios fuera del torneo continental.

En el año 2001 ganó nuevamente la Copa Libertadores, en la que convirtió un gol a Cruz Azul en la primera final en el Estadio Azteca.

Por otra parte, Boca perdió la Copa Intercontinental en Tokio frente a Bayern Múnich de Alemania en un partido en el que Delgado erró dos situaciones claras de gol y fue expulsado por doble amarilla por el árbitro Kim Nielsen tras simular una falta en el área.

Luego de no tener un buen primer semestre en 2002, y ya con la conducción técnica del uruguayo Óscar Washington Tabárez, se reafirmó teniendo notables actuaciones en el Torneo Apertura, en el que marcó los dos goles de su equipo en la victoria por 2-1 ante River Plate en el Monumental, lo cual le permitió a su equipo cerrar el campeonato a tres puntos del campeón, Independiente de Avellaneda.

Ya sin Carlos Bianchi como entrenador, que fue reemplazado poe Jorge José Benítez, no tuvo las mismas posibilidades de otros años, tapado por Rodrigo Palacio, Martín Palermo y Guillermo Barros Schelotto.

Asimismo, el Chelo dejó una marca registrada con sus inolvidables goles con "tres dedos".En el Torneo Clausura 2007 jugó en Belgrano de Córdoba, con el que descendió a la Primera B Nacional en 2007.