Los padres de María del Pilar eran primos carnales, así como sus abuelos paternos.

[5]​ Su madre murió ocho días después de su nacimiento, sin haberse recuperado del laborioso parto, como también había fallecido su hermana, María de las Mercedes, princesa de Asturias, ocho años antes que ella.

[Nota 1]​[7]​ La corta vida de María del Pilar transcurrió principalmente en el palacete que su padre poseía en la Cuesta de la Vega, próximo al Palacio de Oriente de Madrid.

La infanta tenía tres hermanos mayores llamados Luis Alfonso, José Eugenio y María de las Mercedes.

No hubo descendencia de esta unión.