Fue uno de los hijos del matrimonio formado por el capitán Juan de Aranda y su mujer María Sandelín (Marie Sandelijn).
Su padre era un militar vallisoletano que había seguido la carrera militar, y llegó a ser gobernador del castillo de Gante.
Hacia 1576 fue necesario que Francisco viajase a Roma, para obtener una dispensa pontificia sobre el impedimento existente en el matrimonio, por tratarse de primos hermanos.
El matrimonio tendría dos hijos: En 1580-1581, María y su familia volverían con sus hijos a Valladolid, ciudad de origen de Francisco.
En el viaje pasarían por la ciudad francesa de Ruan.