En 1798, a los 51 años de edad, Josefa Vergara quedó viuda y como heredera universal y albacea de don José Luis Frías.
Durante su matrimonio no tuvieron hijos biológicos, pero sí muchos adoptados a quienes llevaron a residir en su casa ubicada en la calle del Desdén (hoy Allende Sur no.
Además, contribuyó con la construcción arquitectónica e infraestructura de la época.
Además, financió el primer alumbrado público de la ciudad, incluyendo los faroles y serenos necesarios para su funcionamiento.
Luego de su muerte en 1809, se conformó la fundación Josefa Vergara, conocida como Hospicio Vergara, convirtiéndose en la institución benéfica más antigua de Querétaro.