Para la temporada 2006-07 se decide empezar a crear categorías de base, comenzando ese año con un equipo juvenil.
El paso por el tercer escalón del fútbol sala, fue efímero, en sus 2 primeras temporadas no tuvo dificultades para conservar la categoría.
En los play-off de ascenso a Primera División, el Manzanares FS cae eliminado ante Pescados Rubén Burela.
En el plano extra deportivo, los problemas económicos provocan el descenso administrativo del Manzanares FS a Segunda División B para la temporada 2012-13.
En la temporada 2019-20 nuevamente obtiene la cuarta posición, disputando el play-off y siendo eliminado por el Irefrank Elche.