En esta ciudad se casó en 1797 con la también cantante Manuela Morales (nombre artístico de Manuela Aguirre Pacheco), con quien tuvo una hija, la también cantante Josefa Ruiz García (de nombre real Josefa García Morales, 1803-1850).

Poco después, tras un incidente con la guardia militar del Teatro del Príncipe que le costó una breve estancia en prisión, abandonó Madrid para dirigirse a Málaga.

Durante su estancia en Málaga (1800-1801) tiene éxito, pero añora Madrid y en 1802 retornó a la capital de España.

Entre sus composiciones más famosas de este periodo están: Quien porfía mucho alcanza, El criado fingido y sobre todo El poeta calculista cuya aria Yo que soy contrabandista se hizo muy popular en toda Europa.

En el año 2007, esta última aria fue grabada por Cecilia Bartoli en un disco dedicado a María Malibrán.

[2]​ Durante esta época publicó, en la editorial del guitarrista español afincado en París Salvador de Castro Gistau, partituras para canto y guitarra (la cual sabía tocar) Six seguidilles ou chansons nationales espagnoles avec traduction française et accompagnement de guitare (ca.1815).

Sus hijas María Malibrán (1808-36) y Pauline Viardot-García (1821-1910) tuvieron grandes éxitos como cantantes de las óperas del bel canto.