Aunque nació en Lepe, Huelva, vivió gran parte de su vida en Málaga.

Su padre, teniente coronel de artillería, murió cuando Manuel tenía sólo dos años.

Sus primeros contactos con el protestantismo los tendría en Gibraltar, aprovechando que en este enclave británico existía la libertad religiosa, durante los cinco meses que estuvo refugiado después de participar en varias protestas políticas.

Tras este tiempo, volvió a Málaga, donde ayudaría a fundar algunas iglesias al igual que en Jaén, todas ellas bajo el paragüas de la Iglesia Reformada Española, dirigida por Ruet desde Gibraltar.

Durante todo este periodo, se cartea con sus colegas Francisco de Paula Ruet, Luis Usoz Río y Guillermo Green.