[1]​ Manuel Hilario nació el 11 de marzo de 1944, en La Habana, Cuba; en la familia del líder independentista cubano Carlos Manuel de Céspedes.

Es hermano de otro ilustre sacerdote cubano, Carlos Manuel de Céspedes y García-Menocal.

Se ordenó sacerdote el 21 de mayo de 1972, incardinándose en la arquidiócesis de Caracas y desarrolló su ministerio en esa nación sudamericana durante 12 años antes de regresar a Cuba.

En esta diócesis, fue además miembro del consejo de redacción de la revista Vitral, editada por el centro de formación cívica y religiosa de Pinar del Río y que ha sido motivo de confrontación con el gobierno comunista del país.

Se desempeñó también como canciller de la curia diocesana a partir del 2002 y como vicario general.