Manuel fue el hijo legítimo del sebastocrátor Juan Ducas.

Manuel gobernó pacíficamente hasta 1237, cuando su suegro viudo Iván Asen II se casó con Irene, la hija del cautivo Teodoro.

Manuel no tuvo éxito en buscar el apoyo del príncipe Godofredo II de Villehardouin de Acaya, y se vio obligado a huir a Asia Menor.

Teodoro y Juan tuvieron que acceder a dividir las tierras de la familia.

[3]​ Con su esposa María Asenina Comnena, Manuel pudo haber tenido al menos una hija llamada Helena: