Tuvo un papel significativo en la revolución que derrumbó la monarquía dos meses después.
El nuevo gobierno comenzó rápidamente a redactar nuevas leyes, tanto es, que antes del final de 1889, todo el sistema político y administrativo de la República ya estaba creado.
El gobierno Deodoro da Fonseca fue desastroso, además de autoritario.
Deodoro renunció y entregó el poder al vicepresidente, mariscal Floriano Peixoto.
Pidió ser enterrado en trajes civiles, pedido que no fue atendido; su funeral tuvo pompa y honras militares.