Su trabajo intelectual en ciencias sociales fue interdisciplinar, nadando epistemológicamente entre la psicología, la sociología, la historia y el análisis cultural (antropología)A pesar de haber sido ordenado sacerdote, sus preocupaciones se centraron en cuestiones de identidad y problemas sociales de Canarias, más que en cuestiones religiosas.

Criticó en vida el postulado de algunos movimientos cristianos, que, dentro de la propia universidad y en la política, abogaban por las relaciones entre fe y cultura, pues la fe, según sus propias palabras, es también "un producto cultural".

Posteriormente se especializó en Psicología en la Universidad Complutense y se doctoró en Filosofía y Ciencias de la Educación en la Universidad de Comillas.

Hoy cuenta con el Instituto de Psicología Social Manuel Alemán, creado por su principal discípulo, José Antonio Younis Hernández.

Las que él mismo consideró sus obras fundamentales fueron Psicología del hombre canario, publicada en 1980, con 10 reimpresiones en la actualidad y, en segundo lugar, Praxis y educación, en 1987, con la que ganó el Premio Andrés Bello.