[9][10][11] Tras presentar una querella en 2006 contra el juez Juan del Olmo, por una supuesta destrucción de pruebas del 11M, el Tribunal Supremo no solo la desestimó, sino que decidió denunciar a su vez a Manos Limpias por los delitos de acusación y denuncia falsas.
Ha denunciado ante el Defensor del Pueblo la ley que habilitaba los matrimonios entre personas del mismo sexo; a Los Lunnis ante el Defensor del Menor por mostrar una familia homoparental en un episodio; a José Mantero, el párroco de Valverde del Camino que fue el primer sacerdote católico español en reconocer su homosexualidad; y al guardia civil de Mallorca que, a finales de 2002, solicitó convivir en la casa cuartel con su pareja.
En 2003 contra Nunca Máis por un presunto delito de estafa que acabó archivada.
En abril de 2008 su denuncia contra Juan María Atutxa (PNV), Gorka Knörr (EA) y Kontxi Bilbao por negarse a disolver el grupo parlamentario Sozialista Abertzaleak llevó a la inhabilitación de los acusados.
[25] También a principios de 2013, Manos Limpias se incorporó como acusación popular a la causa abierta por la querella de Izquierda Unida (IU) contra Luis Bárcenas, Álvaro Lapuerta y otros dirigentes del Partido Popular, que desembocó en el llamado Caso Bárcenas por diversos delitos relacionados con la supuesta financiación ilegal del PP y la existencia de una contabilidad B del partido.
[30] En abril de 2024 Bernad denunció a Begoña Gómez, esposa del presidente del gobierno Pedro Sánchez, por supuestos delitos de tráfico de influencias y corrupción[31][32] para afirmar al día siguiente que «será ahora el juez quien deberá comprobar si dichas informaciones periodísticas son ciertas o no».
[37][38] La Audiencia Provincial de Madrid respaldó la continuación de la investigación, pidiendo que se enfocara en las presuntas ayudas recibidas por la UTE y continuando la investigación conocida como Caso Begoña Gómez.
[42] Según dicho auto, «la acción popular solo puede ser vetada a los entes de naturaleza pública».
Para la Audiencia, dado que la actividad de este sindicato se centra en el sector de la administración, Manos Limpias no tiene legitimidad para suplantar el papel atribuido por la ley al Ministerio Fiscal que ostenta el principio acusatorio en defensa del bien general.
[42] Manos Limpias se define como un sindicato anticorrupción («interpondremos todo tipo de denuncias ante las corrupciones políticas o económicas que lesionen el interés público o general») y contrario a los nacionalismos separatistas («lucharemos siempre por la defensa del orden constitucional de nuestro país, frente a los movimientos separatistas que pretenden disgregarlo»).
Su adscripción ideológica ha sido frecuentemente calificada de ultraderechista, tanto por medios nacionales,[4][44][45][46][47][48][49][50][51][52] como alguno internacional.
[58] Sin embargo, en febrero de 2014 Miguel Bernad se sumó a Soluciona,[59] un nuevo partido de extrema derecha liderado por el empresario Armando Robles,[60] y posteriormente Manos Limpias ha dado su apoyo a sucesivas alianzas ultraderechistas.
[61] Con más de 6.000 afiliados,[15] Manos Limpias no presenta cuentas ni celebra las asambleas que obligan sus estatutos.
[62] Además, tampoco cuenta con representación en ningún centro de trabajo, desconociéndose su representatividad en el ámbito funcionarial.
Y añade que «si se generalizase esa forma de reaccionar quedaría dinamitado el clima de seguridad y sosiego que debe rodear a un Tribunal a decidir».
[68] Según las pesquisas policiales, Ausbanc intimidaba con abrir causas judiciales, para lo cual se asoció con Manos Limpias, organizaciones dirigidas respectivamente por Pineda y Bernard, quienes mantenían amistad desde hacía años y estuvieron relacionados con los ambientes ultraderechistas.