Actualmente entrena el equipo sub-19 del club brasileño Capital CF.
Manoel Miluir comenzó su carrera como entrenador en 1985 en el club brasileño ASBAC y se mudó a Portugal al año siguiente, donde pasó los siguientes diez años.
Allí entrenó a los equipos Os Marialvas, Estrela da Calheta y O Elvas.
Luego regresó a Portugal, donde entrenó el SC Freamunde en la temporada 2000-01.
También pasó por los clubes Juan Aurich de Perú, y Ajman Club, de los Emiratos Árabes Unidos, finalmente regresó a su tierra natal, donde entrenó el Potiguar de Mossoró en dos oportunidades.