En el año 2000 tenía una población de 4,819 habitantes y una densidad poblacional de 1,045.3 personas por km².

Manlius se encuentra ubicada en las coordenadas 43°0′8″N 76°58′44″O / 43.00222, -76.97889.

[2]​ Según la Oficina del Censo en 2000 los ingresos medios por hogar en la localidad eran de $45,492, y los ingresos medios por familia eran $65,080.

Los hombres tenían unos ingresos medios de $49,600 frente a los $29,118 para las mujeres.

La renta per cápita para la localidad era de $26,434.