Como las disputas entre los socios eran frecuentes, en 1864 contratan el joven catedrático Juan Giné y Partagás, para arbitrar en temas médicos.
A partir de este momento Giné se interesa mucho por la frenopatología y da un fuerte impulso al manicomio y a la psiquiatría catalana en su orientación más organicista, contrapuesta a los criterios vitalistas de Pi y Molins.
Giné será el director de la Nueva Belén hasta su muerte, en 1903.
En este periodo, el manicomio adquiere un fuerte prestigio por ser la base de la única escuela frenopatológica barcelonesa del momento, donde se desarrolla la primera cátedra libre de psiquiatría.
Sus discípulos serán los primeros psiquiatras catalanes del periodo (Arturo Galceran y Antonio Rodríguez Morini).