Desde 1988 hasta 1994 fue Secretario General de la OTAN, siéndolo cuando acabó la Guerra Fría y cuando Alemania se reunificó.
Wörner era el nieto de Hermann Aldinger, comandante de la Legión Cóndor, que después ascendió a general de la Luftwaffe en 1945.
Creció en la casa de su abuelo, en Stuttgart-Bad Cannstatt donde visitó el Johannes-Kepler-Gymnasium.
Se casó con Elfie Wörner, que ayudaba a varias agencias humanitarias relacionadas con el ejército alemán y que murió de un tumor el 4 de julio de 2006.
Desde 1996, el Ministerio de Defensa alemán viene premiando con la medalla Mandred Wörner a los personajes públicos que han cosechado "méritos especiales en el servicio a la paz y libertad en Europa".