Para cumplir su misión, planea, dirige, coordina, controla y ejecuta las operaciones militares en el ciberespacio, de acuerdo con los planes operativos en vigor.

En el ámbito de estas operaciones, realiza las acciones necesarias para garantizar la supervivencia de los elementos físicos, lógicos y virtuales críticos para la defensa y las Fuerzas Armadas.

También, presta apoyo CIS a la estructura del EMAD.

[2]​ A su cargo se encuentra un Comandante Jefe con rango de oficial general (General de División o Vicealmirante).

Además, corresponde a la JOPS coordinar y ejecutar las acciones de prevención, detección, reacción y, en su caso, recuperación frente a acciones no autorizadas que puedan comprometer las redes y sistemas del ámbito de actuación del MCCD y la información que manejan; obtener, analizar y explotar la información sobre ciberataques e incidentes a las redes y sistemas en el ámbito de actuación del MCCD; ejecutar las acciones de respuesta necesarias en el ciberespacio frente a amenazas o ataques y tener una capacidad tecnológica que permita y facilite el desarrollo de las funciones citadas anteriormente.