El río Malagarasi, o Malagarazi, es un río de África central, uno de los principales afluentes del lago Tanganica, que discurre por Burundi y Tanzania.

Sus aguas, vía Lukuga, Lualaba y Congo, acaban desembocando en el golfo de Guinea.

El río discurre en dirección noreste, en un tramo de unos 160 km en el que forma la frontera natural entre Burundi, al noroeste, y Tanzania, al sureste.

Luego el río vira hacia el oeste, llegando a la ciudad que le da nombre (Malagarasi) y al poco recibe, llegando del sur y por la margen izquierda, a otro de sus principales afluentes, el río Ugalla.

El Malagarasi existía antes que el lago Tanganica y antiguamente formaba un cauce continuo con el río Lukuga, siendo probablemente la principal cabecera del río Congo.