Magus
Ahí el grupo se entera de que Lavos fue creado por el malvado Magus, quién lideró a los Místicos (Mystics) en la guerra, con la supuesta intención que si perdía la guerra, Lavos despertaría algún día para destruir a la humanidad.Magus, debilitado pero aún no muerto, revela que él no creó a Lavos, sino que solo trataba de despertarlo invocándolo, y al estar tan debilitado no puede controlar la invocación y el poder de Lavos se desata en un portal gigantesco que absorbe al grupo y a Magus.Magus era en realidad Janus, el príncipe heredero del Reino Mágico de Zeal (Magical Kingdom of Zeal en inglés) en la era 12000 B.C., pero a diferencia de los demás habitantes del reino, Janus no dio signos de poseer ninguna habilidad mágica, sin embargo los Gurús descubrieron que el potencial mágico de Janus era el más grande que jamás había existido en un ser humano.La reina comenzó a utilizar la energía que irradiaba Lavos, el parásito de planetas que se encontraba aletargado en el interior del planeta, para suministrar energía y magia a su reino.Fue allí donde lo encontró Ozzie, general de los Místicos, y que en un primer momento intentó matarlo al ser un humano.Ozzie se sorprendió de ver el poder del niño y le propuso unirse a ellos para acabar con la humanidad.Magus mató sin dificultades a Cyrus, y cuando su escudero juró que lo vengaría, Magus rio y decidió convertirle en algo que haga gracia según sus propias palabras.En la línea original del tiempo (en la que Crono no ha intervenido) Magus muere luchando contra Lavos (aunque antes de morir alcanza a dormirlo de nuevo), y sin su líder los Místicos son derrotados por Gardia.Pero el día del desastre es derrotado de nuevo y hubiera muerto si Crono no hubiera sacrificado su propia vida para salvar la de Magus y Schala, que iban a ser devorados por la criatura.Aquí también el jugador puede elegir entre si permitir que Magus se una al grupo o matarlo para vengar a Cyrus.Magus es el personaje más poderoso del grupo en todos los sentidos (llegándose a comparar con Crono), pero destacando de sobremanera en el área mágica, con las mejores y más poderosas técnicas del juego.Su última arma es la Doom Sickle (Guadaña Infernal) que puede duplicar o triplicar su poder de ataque mientras sus compañeros estén caídos.Su hechizo final es Dark Matter (Materia Oscura) y es más fuerte que el Luminaire de Crono, pero la debilidad de Magus es que no puede hacer ataques dobles y pocos ataques triples (con ayuda de las piedras mágicas), pero con la piedra Negra y junto con Marle y Lucca pueden hacer Dark Eternal (Oscuridad Eterna), que es probablemente el ataque triple más poderoso del juego.