Junto a Linna interpretaron la canción "Kaelakee hääl" ("La voz del collar") con la que obtuvieron el primer puesto, dándoles el derecho de representar a Estonia en el festival.

Al año siguiente, Maarja volvió a participar en la misma Final Nacional para representar a su país en Eurovisión, con la canción "Keelatud maa" ("Tierra prohibida") alzándose con la victoria, lo que le dio nuevamente la posibilidad de volver a participar en el certamen anual, celebrado en Dublín, Irlanda.

Además de sus victorias en las dos Finales Nacionales, ella logró el 6° puesto en 1996 con la canción "Kummalisel teel", junto a Evelin Samuel (representante estonia en Eurovisión 1999), Karl Madis y Pearu Paulus; el 7° lugar en 1997 con la canción "Aeg", junto a Hanna-Liina Võsa y Anne Värvimann; y el 4° lugar con la canción "Homme" en 2004.

En 2002, hizo su debut en un musical, llamado Miss Saigón donde interpretó el papel de Ellen.

Más tarde, apareció en diversos musicales en Estonia, tales como The Sound of Music (como María), Cats (como Grizabella), Evita (como Eva Perón) y Rent (como Joanne).