Cuándo él tenía un año de edad, su familia, partidarios del partido nacionalista Kuomintang, se mudaron a Taiwán.

Fue acusado de espiar en otros estudiantes taiwaneses a favor del gobierno entonces autoritario en Taiwán mientras estaba en NYU y Harvard, cosa que Ma ha negado.

En la Elección Presidencial del 2000 , Ma se quedó leal al KMT y sostuvo a su candidato, Lien Chan, sobre James Soong, que había cerrado del partido y corría como independiente En 2002, fue elegido alcalde de la ciudad de Taipéi.

Ma ha expresado apoyo templado para la reunificación y la oposición chinas a la independencia de Taiwán.

Él se opuso al referéndum del 2004 que había sido criticado extensamente por los EE.