[1] En el territorio de Mílatos se han encontrado restos arqueológicos que abarcan desde finales del Neolítico hasta el periodo helenístico y que incluyen los periodos de la civilización minoica.El lugar llamado Mílatos Kastello, donde se ha encontrado cerámica desde los periodos neolítico final o minoico antiguo I hasta el periodo helenístico, fue la acrópolis del antiguo asentamiento, aunque sus construcciones no estaban en la cima de la colina, sino en la ladera occidental.La necrópolis de Agios Fanurios está asociada a este asentamiento.[5][6] Por otra parte, la llamada «cueva de Mílatos», ubicada en una garganta a unos 3 km al noreste del pueblo, contiene restos del periodo neolítico, como decoraciones litográficas.El ejército del Imperio Otomano, dirigido por Hassan Pasha, trató de que los refugiados abandonaran la cueva pacíficamente y se rindieran pero estos se negaron.
