El origen más remoto de la ciudad se sitúa en el lugar denominado ahora Bitaug y conocido en el pasado como Siapon por el río que recorre el territorio.
Le sucedieron, durante el periodo colonial español, Blas Bohol, Leonardo Mación, Teodoro Cabiling, Rufino Santiago, Nicolás Gumba, Alejo Ugsad, Ramón Lamote Inong, Teodoro Laurel, Fulgencio Mación, Antonio Francisco, Simón Sang-an y Romualdo Boholst.
En el plebiscito celebrado en abril de ese mismo año, en Mérida ganó la opción favorable al sufragio.
En 1943, Francisco Álvarez, Santiago Bete y Aurelio Ihada fueron torturados hasta la muerte por los soldados japoneses por ser sospechosos de actuar como guerrilleros.
La población de Mérida se dedica principalmente a la agricultura y la pesca.