Entre 1962 y 1965 Monseñor Luis Manresa Formosa participó como padre conciliar en las cuatro sesiones del Segundo Concilio Vaticano.
Durante su gestión de once años, hasta 1992, se fundaron importantes unidades de docencia e investigación en esa casa de estudios, como entre otras la Facultad de Teología, los Departamentos de Trabajo Social, Asuntos Estudiantiles y Asuntos Culturales, la Sede Regional de Escuintla y los Institutos de Lingüística y Musicología, así como el Instituto del Ambiente y Recursos Naturales IARNA.
Fue sucedido como rector por el jurista Gabriel Medrano Valenzuela.
Como reconocimiento a su liderazgo y a la trascendencia de su labor como rector, el Consejo Directivo de la Universidad Rafael Landívar le concedió la dignidad de doctor honoris causa.
Otro homenaje importante que le rindió la Universidad consistió en poner su nombre al Instituto de Musicología.