No obstante, siguió adelante con su deseo de convertirse en sacerdote, y fue ordenado en 1778.

En 1784 estableció contactos con los jesuitas de Rusia, quienes le aconsejaron permanecer en Italia, donde sus servicios eran más necesarios.

En 1793 se trasfirió al Ducado de Parma donde los Jesuitas habían sido readmitidos, y renovó sus votos.

Tras la invasión del ducado por el ejército napoleónico en 1804 se convirtió de nuevo en refugiado, esta vez en Nápoles donde la Compañía había sido restaurada.

El nuevo papa León XII concedió esta confirmación al padre Fortis a comienzos de su pontificado.