También realizó experimentos con trasplantes de huesos y radiaciones con rayos X.

Desde septiembre de 1942 hasta mayo de 1943 Stumpfegger dirigió personalmente en Hohenlychen experimentos para trasplantar huesos y regeneraciones, provocando posteriormente la muerte por el efecto de narcóticos a las prisioneras utilizadas en los experimentos.

Estuvo en uno de los grupos que escapó del búnker.

Tras el fin del reconocimiento, sus restos fueron sepultados en el cementerio Nordfriedhof de Múnich.

Cuando su esposa Gertrudis Spengler murió en 2005, fue sepultada a su lado.