En 1837 inició un instituto privado de farmacia en Bonn, donde impartió clases hasta 1845.

Uno de sus estudiantes en el instituto fue el reconocido químico Carl Remigius Fresenius (1818-1897).

En 1845 fundó la empresa «Chemischer Marquart's Lager Utensilien» en Bonn, que era una fábrica que elaboraba productos de química fina y farmacéutica.

Se lo considera coinventor de polvo de hornear en un proyecto con Justus von Liebig y Eben Norton Horsford.

A Marquart se le atribuye haber acuñado el término "antocianinas" para denotar el pigmento azul de la florecimiento de maíz.