Pasó una temporada en Lausanne-Sports antes de incorporarse al Yverdon Sports.

Ahí logró el doblete a conseguir el campeonato de liga y la Copa de Alemania en 2004, pero no fue del todo satisfactorio pues Magnin sufrió varias lesiones y disputó solo 45 juegos en 4 años en Bremen.

Ahí Ludo, como es conocido entre los simpatizantes del Stuttgart, se asentó en el equipo titular en la primera temporada y fue un jugador clave para su equipo en la siguiente temporada 2006–07 cuando se proclamó campeón de Alemania por segunda vez en su carrera.

Por lo tanto, regresó a su país en enero de 2010 para vestir la camiseta del FC Zürich.

Magnin inicialmente no fue convocado a la escuadra suiza para el Mundial de 2010 pero luego fue llamado en reemplazo del lesionado Christoph Spycher.